A Universidade Fordham desenvolveu-se a partir do Colégio de São João, fundado pelo Bispo Hughes na antiga Fazenda Rose Hill em Fordham, então no Condado de Westchester, e foi formalmente aberto no Dia de São João Batista, 24 de junho de 1841. Nesse mesmo ano, o seminário teológico da diocese de Nova York foi transferido de Lafargeville, Condado de Jefferson, para Fordham. Em abril de 1846, uma lei de incorporação aprovada pela Legislatura de Nova York concedeu-lhe o poder de "conferir distinções literárias, graus ou diplomas que normalmente são concedidos por qualquer universidade, colégio ou seminário de aprendizado nos Estados Unidos". Em junho de 1846, os Padres da Companhia de Jesus compraram a propriedade da diocese. O primeiro presidente jesuíta foi o Rev. Augustus Thébaud, que, com outros membros do corpo docente jesuíta inicial, veio do Colégio de Santa Maria, no Condado de Marion, Kentucky. O Colégio de Santa Maria foi praticamente transferido para Fordham e, como havia sido incorporado em 1820 com todos os poderes de uma universidade, a história do colégio atual deve ser considerada como iniciada com sua fundação nesse ano. Sob presidentes como os Padres Thébaud, Larkin, Tellier, Doucet e Tissot, S.J., o colégio rapidamente ganhou em frequência. No início da década de 1850, havia 200 alunos. Houve uma queda durante a Guerra Civil, mas no ano acadêmico de 1869-70 havia 257. Após uma fase de menor frequência no final da década de 1870, havia 327 em 1889 e 1890. O número aumentou para 500 no início da década atual. Muitos alunos da Fordham nos primeiros tempos alcançaram distinção. Entre eles estavam: John La Farge, o pintor; Ignatius Donnelly, o autor; John R.G. Hassard; os irmãos MacMahon, James, Arthur e Martin, dois dos quais morreram noblemente na Guerra Civil, enquanto o terceiro, embora gravemente ferido, sobreviveu para alcançar destaque no tribunal na cidade de Nova York; Thomas B. Connery, por muitos anos editor-chefe do "Herald"; Gen. James O'Beirne; Juízes Morgan O'Brien, Amend, Hendricks, da Suprema Corte; e muitos advogados bem conhecidos, Anthony Hirst da Filadélfia, Philip van Dyke e William B. Moran de Detroit, este último no Benci Supremo de Michigan ao falecer; John A. Mooney, de Nova York, um escritor conhecido; Ignatius e Thomas McManus, do México; e Michael F. Dooley, de Providence, banqueiros. Muitos dos alunos mais brilhantes da Fordham ingressaram no clero e alcançaram posições de grande influência. Entre eles estão o Cardeal Farley, o Bispo Hoban, o Bispo Rosecrans de Columbus, os Monsenhores Van Dyke (Detroit), O'Connor (Charleston), Lynch (Utica), Mooney (Nova York) e muitos jesuítas distintos. Em 21 de junho de 1904, com o consentimento dos regentes da Universidade do Estado de Nova York, o conselho de curadores do Colégio de São João, durante a presidência do Padre (agora Bispo) John Collins, autorizou a abertura de uma escola de direito e uma escola de medicina. O departamento de direito cresceu rapidamente até que, em 1911, havia 230 alunos matriculados. A universidade agora (1912) conta com 548 alunos sob 124 professores, distribuídos da seguinte forma: direito, 224 alunos, 12 professores; medicina, 164 alunos, 96 professores; departamento acadêmico, 160 alunos, 16 professores. A Fordham University Press, cujas publicações históricas têm ampla difusão, completa a organização da universidade.
Fordham University developed out of Saint John's College, founded by Bishop Hughes upon the old Rose Hill Farm at Fordham, then in Westchester County, and formally opened on St. John the Baptist's Day, 24 June, 1841. This same year the theological seminary of the New York diocese was moved from Lafargeville, Jefferson Co., to Fordham. In April, 1846, an act of incorporation passed by the New York Legislature granted it the power to "confer such literary honours, degrees or diplomas as are usually granted by any university, college or seminary of learning in the United States". In June, 1846, the Fathers of the Society of Jesus purchased the property from the diocese. The first Jesuit president was the Rev. Augustus Thebaud who, with other members of the early Jesuit faculty, came from St. Mary's College, Marion County, Kentucky. St. Mary's was practically transferred to Fordham, and, as it had been incorporated in 1820 with all the powers of a university, the history of the present college must be considered to begin with its foundation in that year. Under such presidents as Fathers Thébaud, Larkin, Tellier, Doucet, and Tissot, S.J., the college rapidly gained in attendance. In the early fifties there were 200 students. There was a falling off at the time of the Civil War, but in the year 1869-70 there were 257. After a phase of less attendance in the late seventies, there were 327 in 1889 and 1890. The number rose to 500 in the early part of the present decade. Many Fordham students of the early times reached distinction. Among them were: John La Farge the painter; Ignatius Donnely, the author; John R.G. Hassard; the MacMahon brothers, James, Arthur, and Martin, two of whom died nobly in the Civil War, while the third, though badly injured, survived for distinction on the bench in New York City; Thomas B. Connery for many years editor-in-chief of the "Herald"; Gen. James O'Beirne; Judges Morgan O'Brien, Amend, Hendricks, of the Supreme Court; and many well-known lawyers, Anthony Hirst of Philadelphia, Philip van Dyke, and William B. Moran of Detroit, the latter on the Supreme Bench of Michigan at his death; John A. Mooney of New York, a well-known writer; Ignatius and Thomas McManus, of Mexico, and Michael F. Dooley, of Providence, bankers. Many of Fordham's brightest students have entered the clergy and reached positions of great influence. Among them are Cardinal Farley, Bishop Hoban, Bishop Rosecrans of Columbus, Monsignori Van Dyke (Detroit), O'Connor (Charleston), Lynch (Utica), Mooney (New York), and many distinguished Jesuits. On 21 June, 1904, with the consent of the regents of the University of the State of New York, the board of trustees of St. John's College, during the presidency of Father (now Bishop) John Collins, authorized the opening of a school of law and a school of medicine. The law department rapidly increased until, in 1911, there were 230 on its rolls. The university now (1912) numbers 548 students under 124 professors, distributed as follows: law, 224 students, 12 professors; medicine, 164 students, 96 professors; academical department, 160 students, 16 professors. The Fordham University Press, whose historical publications have a wide diffusion, completes the university organization.